Nhận lời mời của Bộ trưởng Ngoại gao Nhật Bản Nô-bư-ta-ca Ma-chi-mư-ra (Nobutaka Machimura), Bộ trưởng Nguyễn Dy Niên đã thăm chính thức Nhật Bản từ ngày 6 đến ngày 10 tháng 3 năm 2005. Đây là cuộc gặp gỡ giữa Bộ trưởng Ngoại giao hai nước theo tinh thần Tuyên bố chung giữa hai Bộ trưởng Ngoại giao tháng 7/2004 nhằm tăng cường hiểu biết và tin cậy lẫn nhau.

Trong thời gian ở thăm Nhật Bản, Bộ trưởng Nguyễn Dy Niên đã chào xã giao Thủ tướng Nhật Bản Dun-i-chi-rô Cô-i-dư-mi (Junichiro Koizumi), hội đàm với Ngoại trưởng Nhật Bản Nô-bu-ta-ca Ma-chi-mu-ra (Nobutaka Machimura) và đã có các cuộc trao đổi ý kiến với Bộ trưởng Tài chính Xa-đa-ca-dư Ta-ni-ga-ki (Sadakazu Tanigaki), Bộ trưởng Kinh tế và Công nghiệp (METI) Sô-i-chi Na-ca-ga-oa (Shoichi Nakagawa), Tổng thư ký Đảng LDP, Chủ tịch Liên minh nghị sĩ hữu nghị Nhật - Việt Ta-kê-bê Chư-tô-mu, Hạ nghị sĩ Oa-ta-na-bê I-ô-si-mi (Watanabe Yoshimi), nhiều nghị sĩ và các tập đoàn kinh tế lớn của Nhật Bản. Trong các cuộc gặp gỡ, hai bên đã thông báo cho nhau tình hình của mỗi nước, điểm lại tình hình quan hệ giữa hai nước trong thời gian qua và trao đổi ý kiến về những vấn đề khu vực và quốc tế hai bên cùng quan tâm. Hai bên bày tỏ hài lòng về những bước phát triển tốt đẹp trong quan hệ hai nước trong thời gian gần đây. Bộ trưởng Nguyễn Dy Niên đã bày tỏ cảm ơn Chính phủ và nhân dân Nhật Bản đã dành sự hỗ trợ và giúp đỡ to lớn đối với Việt Nam trong công cuộc xây dựng đất nước, đặc biệt là việc Chính phủ Nhật Bản duy trì viện trợ phát triển chính thức ODA ở mức cao cho Việt Nam trong tình hình Nhật Bản cắt giảm ngân sách ODA nói chung. Bộ trưởng Nguyễn Dy Niên khẳng định cùng với việc đẩy mạnh hơn nữa cải cách kinh tế về chiều sâu, Việt Nam sẽ tiếp tục cải thiện môi trường kinh doanh trong nước nhằm tạo khuôn khổ pháp lý thuận lợi cho các nhà đầu tư nước ngoài, nhất là Nhật Bản, yên tâm làm ăn lâu dài ở Việt Nam.

Phía Nhật Bản đánh giá cao những thành tựu của công cuộc đổi mới của Việt Nam, bày tỏ lòng khâm phục trước những nỗ lực của nhân dân Việt Nam hướng tới Đại Hội X của ĐCS Việt Nam và khẳng định Nhật Bản tiếp tục gia tăng viện trợ ODA cho Việt Nam, hỗ trợ sự nghiệp công nghiệp hoá, hiện đại hoá của Việt Nam, trước mắt ủng hộ Việt Nam gia nhập WTO trong năm 2005, khuyến khích doanh nghiệp Nhật Bản tăng cường đầu tư vào Việt Nam cũng như giúp đỡ Việt Nam trong các lĩnh vực hạ tầng xây dựng cơ sở, môi trường, xoá đói, giảm nghèo, y tế cộng đồng… Đặc biệt, Nhật Bản cam kết tích cực hỗ trợ phát triển vùng biên giới ba nước Việt Nam - Lào - Campuchia (vùng nghèo nhất thuộc khu vực Mê Công). Hai bên nhất trí tăng cường trao đổi đoàn các cấp, thúc đẩy giao lưu văn hoá và du lịch giữa hai nước.

Nhân dịp này, hai bên đã trao đổi Công hàm về việc miễn thị thực nhập cảnh cho công dân hai nước mang hộ chiếu Ngoại giao và Công vụ trong thời hạn lưu trú không quá 90 ngày, bắt đầu thực hiện từ 1/5/2005.

Các cuộc hội kiến, hội đàm và trao đổi ý kiến đã diễn ra trong không khí hữu nghị, cởi mở. Đại sứ đặc mệnh toàn quyền nước ta tại Nhật Bản Chu Tuấn Cáp đã tham dự các hoạt động của Đoàn.